1949
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1949
1月15日天津解放，天津市軍事管制委員會和天津市人民政府宣告成立。300余名南開師生上街宣講黨的城市政策。1月16日南開大學全體教職員工參加歡慶天津解放大游行。同日 天津市軍管會文教部視察員辛毓莊奉命到校，宣布南開大學由軍管會正式接管。1月23日南開大學地下黨總支在位于迪化道的中共天津市青委召開全體黨員首次集體見面會，黨總支書記劉焱作《關于地下黨總支工作情況》報告。2月7日南開大學正式復課。學校設文、理、工、政治經濟4個學院共16個系，以及經濟、化工兩個研究所。3月12日中共天津市委作出《關于建設新民主主義青年團的決定》。此后不久，南開大學地下青年進步革命組織“民主青年同盟”在校內公開，“民青”成員集體轉團，成立了團總支委員會，杜立任書記。3月22日河北省立法商學院并入南開大學政治經濟學院。5月因大批黨員離校參加革命，中共南開大學總支部委員會改為支部委員會，李萬華任書記。5月南開大學校務委員會成立，楊石先任主席。10月1日中華人民共和國成立。南開大學校務委員會主席楊石先應邀在天安門城樓上出席開國大典，并受到毛澤東主席接見。10月14日中共南開大學支部公開大會在東院禮堂舉行。天津市軍管會文教部部長黃松齡蒞會指導并發表講話，宣布李萬華任黨支部書記。11月鄭秉洳任中共南開大學支部委員會書記。
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1950
6月1日至9日教育部在北京召開第一次全國高等教育會議。南開大學校務委員會主席楊石先、常務委員兼教務長吳大任參會。會議期間，代表們受到了毛澤東主席、周恩來總理接見。8月24日校務委員會第35次常委會議報告，奉教育部指示，北京中法大學經濟系、生物系并入南開大學。9月中共南開大學總支部委員會成立，鄭秉洳任書記。10月15日南開大學召開第一次工會代表大會，中國教育工會南開大學委員會正式成立。是年應學生會之請，毛澤東主席為南開大學題寫校徽。
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1951
1月全校500余名學生報名參加軍、干校，以實際行動支援抗美援朝，經天津市招生委員會批準最終錄取 61 人。2月23日張伯苓逝世，享年75歲。2月24日政務院總理周恩來到津吊唁張伯苓后，來南開大學視察。2月張義和任中共南開大學總支部委員會書記。5月南開大學受天津市人民政府委托，籌辦天津醫學院預科。1952年，第一屆醫預班在南開入學12月25日中國新民主主義青年團南開大學委員會正式成立，徐維廉任團委書記。
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1952
7月16日教育部下達關于南開大學、天津大學、津沽大學院系調整的指示，決定將三校合并為兩校，即綜合性南開大學和多科工業性天津大學。南開大學工學院并入天津大學，天津大學理學院的數學系、物理系并入南開大學，津沽大學財經學院的國際貿易系、會計財政系、企業管理系并入南開大學。10月王金鼎任中共南開大學總支部委員會書記。11月29日南開大學教職員工舉行集會，慶祝院系調整結束。高教部部長馬敘倫出席大會，楊石先作題為《新南開大學的成立和它的方針任務》的報告。南開大學成為新型的綜合性大學。
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1953
9月4日南開大學附設工農速成中學開學，趙君陶任校長。9月10日至23日楊石先、吳大任、王金鼎、鄭天挺等赴京參加高教部召開的全國綜合大學會議。會議明確了綜合大學的辦學方針和特定任務。12月3日校務委員會召開第一次會議，討論通過《南開大學校務委員會暫行規程（草案）》。
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1954
2月按照高教部關于全國高等財經院系和專業調整的指導思想，南開大學財政、金融、貿易、企業管理、會計、統計6系撤銷，政治經濟學、會計學、統計學3個專業合組為經濟系。6月學校制定《南開大學（1954—1958）事業發展和教學改革實施計劃提綱（草案）》。6月楊石先副校長在《科學通報》上發表《發揮科學潛力，積極開展高等學校研究工作》，第一次在全國提出了把高等學校辦成教學中心和科研中心的主張。是年南開大學開始招收外國留學生，是新中國最早接收外國留學生的高等院校之一。
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1955
5月29日至6月1日南開大學召開第一屆科學討論會，這是學校歷史上的首次科學盛會。是年南開大學恢復招收研究生，化學系、物理系、數學系、生物系、歷史系招收第一批研究生。是年《南開大學章則匯編》正式出版。這是南開大學自新中國成立以來編制的第一本規章制度匯編。
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1956
2月至7月南開大學副校長楊石先參加周恩來總理主持召開的制訂“十二年科學技術發展遠景規劃”會議，任國務院科學規劃委員會委員、化學組組長，并在會上作題為《化學科學與國民經濟的關系》報告。6月中共南開大學委員會成立，王金鼎任書記，原黨總支撤銷。7月楚云任中共南開大學委員會書記。
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1957
4月10日周恩來總理陪同波蘭政府代表團訪問天津并視察南開大學。4月楊石先任南開大學校長。
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1958
3月高仰云任中共南開大學委員會書記。8月13日毛澤東主席視察南開大學，參觀了化學系的敵百蟲、馬拉硫磷、離子交換樹脂和硝酸釷4個生產車間。視察后，毛主席對學校工作做出重要指示：“高等學校應抓住三個東西：一是黨委領導；二是群眾路線；三是把教育和生產勞動結合起來。”9月17日南開大學經濟系會計、統計專業全體學生及部分教師并入新成立的河北財經學院（現為天津財經大學）。是年學校制定《南開大學五年（1958—1962）躍進規劃綱要草案》。
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1959
5月28日周恩來總理第三次到南開大學視察，寄語南開師生：“南開在新的時代，有新的校風，有新的教學特點，要保證質量，真正能夠很好地為社會主義服務，為將來共產主義服務。”8月2至4日中共南開大學第一次黨員代表大會召開，提出深入貫徹執行黨的教育方針，為提高教育質量而奮斗的主要任務。5日，在第一屆委員會第一次會議上高仰云當選為黨委書記。
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1960
10月22日中共中央下發《關于增加全國重點高校的決定》，南開大學躋身國家重點大學行列。
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1961
3月11日南開大學黨委向全校提出“全面深入貫徹執行黨的八字方針，以提高教學質量為中心”的任務。
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1962
10月南開大學元素有機化學研究所成立，楊石先兼任所長，陳天池任副所長。該研究所是新中國成立后我國高校第一個化學研究機構。
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1963
8月海河流域的暴雨造成特大洪水，教職員工投入全市的防汛抗洪斗爭。
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1964
3月臧伯平任中共南開大學委員會書記。
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1965
7月按照國家進行三線建設的總體戰略部署，南開大學原子核物理、放射化學兩個尖端科學專業調整至蘭州大學。
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1966
6月3日學校召開“文化革命”動員大會。此后學校停課，陷入混亂狀態。
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1967
10月根據中共中央、國務院、中央軍委、中央文革領導小組聯合發出的“復課鬧革命”通知，南開大學復課。
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1968
8月27日工人毛澤東思想宣傳隊、解放軍毛澤東思想宣傳隊進駐南開大學。
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1969
3月6日南開大學革命委員會成立，隨后各系革命委員會也相繼成立，工宣隊、軍宣隊出任各級革委會的領導。
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1970
11月南開大學開辦技術工人班，培養適合校辦工廠需要的技術工人，學制兩年。
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1971
10月18日南開大學第一批工農兵學員入學，參加天津市統一舉行的迎新大會。
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1972
5月學校各系重新建立黨總支，機關也設立了黨總支。
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1973
1月15至17日中共南開大學第二次黨員代表大會召開，提出在毛主席革命路線指引下為創辦社會主義新型大學而奮斗。17日，在第二屆委員會第一次會議上朱子強當選為黨委書記。9月學校制定《關于“四五”規劃后兩年計劃修訂意見的報告》。
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1974
9月南開大學接收了“文革”以來第一批外國留學生，共10人。
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1975
1月18日第四屆全國人民代表大會召開后，全校師生深受鼓舞，決心為祖國的四個現代化建設做貢獻。
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1976
1月15日南開大學隆重舉行追悼周恩來總理大會。7月28日唐山大地震波及天津，南開大學8名教工和23名學生蒙難，學校大部分校舍遭到不同程度損壞，直接經濟損失總計 500萬元以上。10月23日南開大學隆重舉行慶祝粉碎“四人幫”反黨集團偉大勝利大會。
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1977
8月8日鄧小平主持召開科學和教育工作座談會。楊石先參加會議，就“如何把科學技術搞上去”提出建議，得到鄧小平的高度重視。10月21日全國恢復統一高考制度。南開大學招收 896 名本科新生并于翌年 2 月入學。
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1978
2月17日國務院批轉教育部《關于恢復和辦好全國重點高等學校的報告》，南開大學系全國 88 所重點高校之一。2月臧伯平任中共南開大學委員會書記、南開大學校長。10月學校制定《南開大學1978—1985年事業發展規劃》。11月17日南開大學恢復招收研究生，錄取 116 人。12月張再旺任中共南開大學委員會書記，楊石先任南開大學校長。
